Seit den 1990er-Jahren ist die Hansestadt Wismar bemüht, die historische St.-Nikolai-Kirche zu restaurieren und zu erhalten. Diese Sanierungsarbeiten konzentrieren sich auf die mehr als 600 Jahre alten Mauern der Kirche. Im März 2025 konnten die 2021 begonnenen Arbeiten an den Hochschiffgewölben abgeschlossen werden. Auch die Gewölbe im nördlichen Seitenschiff, in der nördlichen Kapelle und über der Sakristei wurden restauriert. Dabei wurden schadhafte Ziegel ausgetauscht, Risse im Mauerwerk geschlossen und marode Fensterrippen saniert.
Restauratoren haben den Putz gesichert, Gewölbekappen entsalzt und Malereien an Gewölben und Wänden gereinigt, konserviert und teilweise rekonstruiert. Besonders ist die Reinigung der Stuckköpfe der Gewölbeanfänger und die Restaurierung der Zerrbänder im Hochschiff. Ein einzigartiges Merkmal der Restaurierung ist die Freilegung der mittelalterlichen Fassung eines Gewölbes über der Sakristei, wobei die Originalfarben behutsam freigelegt wurden.
Die riesigen Bleiglasfenster im Hochschiff wurden überarbeitet, und neue Schwitzwasserrinnen zur Feuchtigkeitskontrolle installiert. Die Verkabelungen der Kronleuchter wurden erneuert. Die Restaurierung erfolgte in drei Bauabschnitten. Die gesamten Kosten beliefen sich auf etwa 1,53 Millionen Euro, finanziert durch Mittel der Städtebauförderung. Mehrere Unternehmen aus Wismar, der Umgebung und dem Landkreis Vorpommern-Rügen waren für die Restaurierung verantwortlich.
Auch in den kommenden Jahren wird Wismar den Erhalt der St.-Nikolai-Kirche durch Bauunterhaltsmaßnahmen und notwendige Sanierungen sicherstellen, damit dieses historische Bauwerk für zukünftige Generationen erhalten bleibt.